Vuonna 2013 ei ole olemassa selkeää muuntogeenisten elintarvikkeiden luokitusta, ja erilaisia luokituksia voidaan tehdä eri standardien mukaisesti käytännön mukaan.
Sen mukaan, sisältääkö muuntogeeninen elintarvike standardina muuntogeenistä lähdettä, se voidaan jakaa seuraaviin kolmeen eri tyyppiin:
(1) Muuntogeenisillä elintarvikkeilla, jotka eivät sisällä muuntogeenisiä elintarvikkeita, tarkoitetaan geneettisesti muunnetuista organismeista johdettuja elintarvikkeita, mutta itse tuotteet eivät sisällä siirrettyjä geenejä.
(2) Muuntogeeniset elintarvikkeet sisältävät muuntogeenisiä ainesosia, mutta niiden ominaisuuksia on muutettu käsittelyn aikana eikä siirrettyjä aktiivisia geenejä enää ole muuntogeenisissä elintarvikkeissa.
(3) Muuntogeeniset elintarvikkeet sisältävät aktiivisia geneettisiä komponentteja. Kun ihmiset syövät tällaisia geneettisesti muunnettuja organismeja tai elintarvikkeita, siirretyt geenit ja organismien luontaiset geenit vaikuttavat ihmiskehoon.