Korkean suorituskyvyn nestekromatografia (HPLC)

Vaikka kaksiulotteinen geelielektroforeesi (2-DE) on yleisesti käytetty menetelmä koko proteomin analysoinnissa, sillä on rajoituksia, kuten rajoitettu erotuskyky, syrjivä vaikutus ja monimutkaiset toimintamenetelmät. On usein vaikeaa saada tyydyttäviä tuloksia suuren dynaamisen alueen, vähäisen runsauden ja hydrofobisten proteiinien analysoimiseksi. Chong et al. käytti HPLC/massaspektrometriaa vertaillakseen ja analysoidakseen esi pahanlaatuisten ja syöpäproteiinien differentiaali-ilmentymää. Proteiini erotettiin HPLC:llä, ja kerätyt fraktiota tunnisti MALDI-TOF-MS, joten proteiini analysoitiin kvantitatiivisesti kahden solun differentiaali-ilmentymällä. Uudentyyppisenä erotteluteknologiana moniulotteinen nestekromatografia ei rajoita suhteellista molekyylimassaa ja isosähköistä pistettä. Eri tilojen yhdistelmän avulla se poistaa kaksiulotteisen geelielektroforeesin syrjivän vaikutuksen. Sillä on suuren huippukapasiteetin ja helpon automaation ominaisuudet. Kaksiulotteinen ioninvaihto-käänteisen faasin kromatografia (2D-IEC-RPLC) on proteomiikan tutkimuksessa yleisimmin käytetty moniulotteinen nestekromatografian erotusjärjestelmä.