Proteomiikka keskittyy geenien säätelyn dynaamiseen kuvaukseen, geenien ilmentymisen proteiinitasojen kvantitatiiviseen määrittämiseen, sairauksien ja lääkkeiden elämänprosesseihin aiheuttavien vaikutusten tunnistamiseen sekä geenien ilmentymisen säätelymekanismin selitykseen. Tieteenä proteomiikan tutkimus ei ole nollasta Aluksi se on proteiiniprofiilin (peptidi) ja geenituotekartoitusteknologian jatke, jota on käytetty yli 20 vuotta. Peptidikartoitus perustuu kaksiulotteiseen geelielektroforeesiin (2-DE) ja lisäkuva-analyysiin; ja geeni Tuoteprofiili riippuu erilaisista erottelun jälkeen olleista analyyseistä, kuten massaspektrometriasta, aminohappokoostumusanalyysistä jne.
Vaihtelevan muokkauksen ja RNA-muokkauksen vuoksi monet geenit voivat ilmaista erilaisia proteiineja. Siksi proteomin monimutkaisuus on paljon suurempi kuin genomin monimutkaisuus.
Jos lajin koko genomisekvenssi on poistettu, se ei tarkoita, että myös lajin proteomi olisi poistettu. Geenin proteiinituotteen spesifinen analyysi olisi määritettävä muokkaamalla ja säätelemällä kattavasti genomitasoa, transkriptiotasoa ja käännöstasoa.