Proteomin käsitettä ehdotti ensin Marc Wilkins. Se viittaa kaikkiin proteiineihin, jotka ilmaistaan genomin (Genomi) tai solun tai kudoksen kautta. Proteomin käsitteellä on monia eroja genomin käsitteen kanssa. Organisaatio ja jopa ympäristön tila muuttuvat. Transkription aikana geeni voidaan yksinkertaistaa useisiin mRNA-muotoihin. Proteomi ei ole genomin suora tuote. Proteomin proteiinien määrä voi joskus ylittää genomien määrän. Proteomics on varhaisessa "kehitysvaiheessa". Alan asiantuntijat kiistävät, että kyse olisi puhtaasta menetelmästä. Aivan kuten genomiikka, se ei ole suljettu, käsitteellinen ja vakaa tietojärjestelmä, vaan ala.
