Fluoresenssimikroskoopilla ja tavallisella mikroskoopilla on seuraavat erot
1. Valaistusmenetelmä on yleensä epi-valaistus, toisin sanoen valonlähde heijastetaan näytteeseen objektiivilinssin läpi;
2. Valonlähde on ultraviolettivaloa, aallonpituus on lyhyempi ja resoluutio suurempi kuin tavallisten mikroskooppien;
3. On olemassa kaksi erityissuodatinta. Valonlähteen edessä olevaa suodatetaan näkyvän valon suodattamiseksi, ja okulaarin ja objektiivin välissä olevaa suodatetaan ultraviolettisäteiltä ihmisen silmien suojaamiseksi.