Itsepuhdistusjärjestelmä viittaa järjestelmään, jolla on tietty itsepuhdistuskyky ja ympäristön epäpuhtauksien absorptiokyky. Se on agroekologinen kompleksi, jossa ympäristön saasteet puhdistuvat itsestään sillä edellytyksellä, että ne eivät ylitä ympäristön kapasiteettia maatalousmaan, kasvien ja mikro-organismien fysikaalisten, kemiallisten ja biologisten vaikutusten kautta.
