Vakaalla maaperäekosysteemillä on tiettyjä rakenteellisia ominaisuuksia: 1) Pystysuora rakenne. Koostuu yleensä kolmesta tasosta: ensimmäinen kerros on biologinen siirtomaakerros, joka on kasvien tärkein paikka fotosynteesin suorittamiseen, ja käytössä olevan tilan korkeus vaihtelee kasvilajien mukaan; toinen kerros on biologinen maakerros, mukaan lukien biologinen yhdyskunta maassa ja kasvien juurien päästämä maakerros, jossa maaperän eläimet ja maaperän mikro-organismit ovat rikkaita, biologisten materiaalien kertyminen, hajoaminen, muuntuminen, mineraalielementtien huuhtoutuminen ja saostuminen sekä veden evapotranspiraation aktiivinen paikka; kolmas kerros on maaperän pohja ja kivet Sään mukaan kerroksessa on vähän biologisia organismeja ja se on maaperän kivennäisravinteiden ja veden täydentämisen perusta. (2) Horisontaalinen rakenne. Kuvioita on yleensä kolme: yhtenäinen jakautuminen, biologisten populaatioiden jakautuminen on yhtenäinen, ja kullakin on tietty alue kaksiulotteisessa tilassa; klusteroidussa levinneisuudessa biologiset populaatiot jakautuvat ryhmiin ajoittain avaruudessa; satunnainen levinneisyys, useimmat maaperän ekosysteemin organismit Lajien levinneisyys on satunnainen.
